Dans le district de Mpika, province de Muchinga, Zambie, un champ présente les symptômes de la pyriculariose du blé, lors de l’épidémie de mars 2018.
Photo: © Batiseba Tembo, Zambia Agriculture Research Institute

La surveillance génomique identifie la souche mondiale du champignon responsable d’une maladie émergente du blé

L’étude donne à penser que la surveillance génomique pourrait contribuer à suivre l’évolution du pathogène et la résistance des cultures et, de ce fait, empêcher les mauvaises récoltes.

Selon une étude publiée dans la revue à libre accès PLOS Biology, la surveillance génomique pourrait contribuer à gérer des maladies végétales émergentes et à identifier les caractéristiques génétiques afin de créer des variétés résistant à la maladie. Réalisée par des chercheurs de l’University College de Londres (UCL), Royaume-Uni, en collaboration avec une équipe internationale de chercheurs de quatre continents, et publiée once avril, cette étude met l’accent sur la menace que font peser les parasites et les maladies aux rendements de blé mondiaux qui pourraient diminuer de 20 pour cent.

La pyriculariose, maladie fongique aujourd’hui présente dans trois continents, est une des maladies émergentes qui menacent les récoltes de blé à l’échelle mondiale. Pour mieux comprendre cette maladie, connaître ses origines et déterminer ses caractéristiques génétiques, les chercheurs ont associé des analyses génomiques et des expériences en laboratoire qui leur ont permis de déterminer la susceptibilité des variétés de blé au champignon de la pyriculariose, et celle de ce champignon aux fongicides.   

« Grâce à la rapidité de la diffusion publique des données génomiques par la communauté scientifique internationale par l’intermédiaire de l’initiative OpenWheatBlast, nous avons pu détecter, analyser et caractériser la souche fongique responsable des récentes épidémies de pyriculariose, » déclare Sergio Latorre, de la division des biosciences d’UCL et un des principaux auteurs de la nouvelle étude.  

Analyse de la récente émergence de la pyriculariose du blé en Asie et en Afrique

Les chercheurs ont découvert que la récente émergence de la pyriculariose en Asie et en Afrique était due à une seule lignée clonale du champignon, bien que les épidémies se soient déclarées indépendamment l’une de l’autre en Zambie et au Bangladesh. Ils ont également constaté que les variétés de blé porteuses du gène Rmg8 résistaient à l’infection fongique et que le champignon était sensible aux fongicides à base de strobilurines. 

Hernán A. Burbano, de la division des biosciences d’UCL et co-auteur de l’étude, explique que « le recours conjoint à la surveillance génomique et aux tests fonctionnels lors d’expériences en laboratoire permet de déterminer des pratiques génomiques et intégrées de gestion des parasites susceptibles d’aider les obtenteurs à créer des variétés qui résistent à la maladie. »  

L’étude propose de nouveaux outils permettant de combattre les pathogènes végétaux émergents, mais les auteurs insistent sur la nécessité d’une stratégie combinée réduisant la dépendance aux intrants chimiques et luttant contre la possibilité que des maladies de plantes cultivées deviennent résistantes aux pesticides et aux fongicides. 

Selon les chercheurs, l’émergence de variants plus néfastes de la pyriculariose est probable, ce qui pourrait rendre plus difficile la gestion de la maladie. C’est pourquoi ils soulignent la nécessité d’opérer une surveillance génomique à l’échelle de la planète pour suivre et contrôler le champignon responsable de la maladie, et d’identifier les variants préoccupants dès leur émergence. 

Sophien Kamoun, du laboratoire Sainsbury et coauteur de l’étude, explique que cette dernière s’appuie sur l’efficacité de la surveillance génomique face aux épidémies de maladies infectieuses telles que la COVID-19. Les chercheurs recommandent de rester vigilants et de soumettre la pyriculariose à une surveillance génomique en Afrique et en Asie pour identifier les variants préoccupants dès leur apparition. 

(UCL/wi)

 

Links:

Link to the paper in PLOS Biology: Genomic surveillance uncovers a pandemic clonal lineage of the wheat blast fungus

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