La rapidité avec laquelle PathoTracer est capable d’identifier les souches responsables de la bactériose des stries translucides peut être utilisée pour recommander des variétés de riz résistantes pour la prochaine saison de culture.
Photo: © IRRI

Un outil pour repérer et stopper la bactériose des stries translucides attaquant le riz

Une façon nouvelle, plus rapide et plus précise d’identifier des agents infectieux jusqu’à leur empreinte génétique qui pourrait finalement permettre aux agriculteurs d’avoir une longueur d’avance sur la bactériose des stries translucides.

Un outil révolutionnaire appelé « PathoTracer » a été mis au point à l’Institut international de recherche sur le riz (International Rice Research Institute - IRRI) à Los Banos, aux Philippines. Cet outil est capable d’identifier la souche exacte de la bactérie qui cause la bactériose des stries translucides présente dans un champ, et cela en quelques jours seulement alors qu’il fallait jusqu’ici plusieurs mois de travaux de laboratoire.

« L’outil fonctionne comme un test de paternité qui utilise l’analyse de l’ADN », explique Ricardo Oliva, un phytopathologiste travaillant à l’IRRI. « Non seulement, il vous révèlera que votre champ est infesté par la bactériose des stries translucides, mais il vous dira aussi quelle est la souche particulière du pathogène en cause, ce qui nous permettra de recommander des variétés résistantes. »

Pendant plus de quatre ans, Oliva et son équipe se sont efforcés de déchiffrer le code génétique de Xanthomonas oryzae pv. oryzae, l’agent pathogène qui cause la bactériose des stries translucides, afin de pouvoir mettre le test au point. La bactériose des stries translucides est l’une des maladies du riz les plus sérieuses. Plus la maladie apparaît à un stade précoce, plus les pertes de récolte sont élevées, pouvant atteindre jusqu’à 70 pour cent dans les variétés vulnérables.

« La bactériose des stries translucides est une infection persistante dans les champs de riz » explique Oliva. « L’épidémie se développe chaque saison quand des variétés sensibles sont plantées. Le problème est que les souches bactériennes varient d’un endroit à un autre et que les agriculteurs ne savent pas quelles sont les variétés résistantes pour leur région.

L’identification des souches de l’agent pathogène de la bactériose des stries translucides dans le champ exige une quantité considérable de travail et de temps. En outre, l’isolement des pathogènes en laboratoire est une tâche fastidieuse, et il faut généralement plusieurs mois, voire même une année pour déterminer les souches prévalant dans une région.

Le PathoTracer peut identifier les bactéries locales dans le champ en utilisant comme échantillons des petits disques de feuilles. Les échantillons sont envoyés à un laboratoire certifié pour qu’il effectue les tests génétiques, et les résultats sont ensuite analysés par l’IRRI, ce qui ne prend que quelques jours. Oliva ajoute qu’avec l’outil PathoTracer, le travail d’une année peut probablement être réduit à deux semaines.

« Le fait de reconnaître la bactérie locale spécifique présente dans la saison en cours peut nous aider à prendre des mesures pour la saison suivante, dit Oliva. « Nous pouvons produire une liste de variétés de riz recommandées qui résistent aux souches pathogènes qui sont prévalentes dans la localité. En plantant les variétés recommandées, les agriculteurs peuvent réduire le risque d’une épidémie au cours de la saison suivante et ainsi accroître leurs bénéfices. »

Tests pilotes aux Philippines en 2017

Le PathoTracer a été testé à titre pilote sur l’île de Mindanao, dans la partie sud des Philippines, en avril 2017. Les pluies sont tombées tôt dans la région, juste après le pic de la saison sèche, ce qui a déclenché une épidémie de bactériose des stries translucides.

Les scientifiques de l’IRRI ont prélevé des échantillons sur différents champs. À la fin du mois d’avril, ils avaient les résultats et ont pu établir et présenter une liste de variétés résistantes capables de stopper l’agent pathogène. Les agriculteurs dans la région se sont vu recommander un choix de variétés afin de réduire le risque. « Si les agriculteurs avaient planté les mêmes variétés de riz les saisons pluvieuses suivantes, je suis sûre que les récoltes auraient été très mauvaises », souligne Oliva.

Le PathoTracer, un outil efficace même pour les agents de vulgarisation

Le PathoTracer est capable de traiter des milliers d’échantillons et peut ainsi facilement couvrir de vastes superficies, ce qui en fait un outil essentiel pour les agents de vulgarisation. Il peut également être intégré à des plateformes de suivi telles que le système d’information sur le riz des Philippines (Philippine Rice Information System - PRiSM) ou le système d’identification et de gestion des risques de nuisibles et de maladies (Pest and Disease Risk Identification and Management - PRIME) afin de soutenir la prise de décisions phytosanitaires au niveau national ou régional.

L’IRRI est intéressé à étendre la portée de l’outil d’analyse génétique afin d’inclure la pyriculariose du riz et, ultérieurement, toutes les bactéries, tous les virus et tous les champignons qui infectent le riz.

Le PathoTracer a été testé dans d’autres pays asiatiques et l’IRRI espère pouvoir étendre son application au cours de l’année 2018. Oliva pense que, quand il sera disponible, le PathoTracer aura probablement un impact potentiel immense sur une maladie dévastatrice qui affecte les champs de riz dans le monde entier.

« Imaginez que cet outil nous permette de prévenir les épidémies de bactériose des stries translucides au cours de chaque saison de culture en Asie, relève Oliva. « Ne serait-ce pas formidable ? »

(ricetoday/wi)

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